Choroby przełyku: Choroba refluksowa przełyku (postać nadżerkowa i nienadżerkowa- GERD i NERD);
Nowotwory łagodne i złośliwe przełyku (rak gruczołowy i rak płaskonabłonkowy przełyku).
Gastroenterolodzy opiekują się również pacjentami z podejrzeniem/rozpoznaniem przełyku Barretta, eozynofilowym zapaleniem przełyku, achalazją przełyku (kurczem wpustu), oraz żylakami przełyku, grzybicą przełyku i poparzeniami chemicznymi, oraz zwężeniami przełyku o innej etiologii (pochodzeniu).
Choroby żołądka: Choroba wrzodowa żołądka, gastropatia wrotna, żylaki dna żołądka, żołądek arbuzowaty, zapalenie błony śluzowej żołądka- w tym zanikowe zapalenie błony śluzowej oraz choroba Addieson’a-Biermera, metaplazja jelitowa, choroba Menetiera oraz nowotwory łagodne i złośliwe żołądka (polipy żołądka, chłoniaki i rak żołądka).
Choroby dwunastnicy: Choroba wrzodowa i przewlekłe zapalenie błony śluzowej dwunastnicy, choroba trzewna (celiakia). Nowotwory dwunastnicy występują rzadko- rak śluzówki dwunastnicy występuje sporadycznie, natomiast czasami przez ciągłość w dwunastnicy można uwidocznić naciek raka trzustki. W dwunastnicy zdarzają się nowotwory łagodne w formie polipów oraz złośliwe (głównie Chłoniaki i guzy neuroendokrynne).
Choroby jelita cienkiego: Choroba trzewna (celiakia), nieswoiste zapalenia jelit (w przypadku jelita cienkiego choroba Leśniowskiego- Crohn’a), choroba Whipple’a, nowotwory łagodne i złośliwe jelita cienkiego.
Choroby jelita grubego: Nowotwory łagodne i złośliwe jelita grubego (polipy jelita grubego, rak jelita grubego). Nieswoiste choroby zapalne jelit- choroba Lesniowskiego- Crohn’a, Wrzodziejące zapalenie jelita grubego i nieokreślone zapalenie jelita grubego. Mikroskopowe zapalenia jelita grubego . Choroba uchyłkowa i zapalenie uchyłków jelita grubego. Zespół przerostu bakteryjnego. Czynnościowe zaburzenia pracy jelit. Zespół jelita drażliwego.
Choroby wątroby i dróg żółciowych: żółtaczka mechaniczna (kamica przewodów żółciowych i kamica pęcherzyka żółciowego; nowotwory dróg żółciowych i brodawki Vatera), wodobrzusze, żylaki przełyku, żylaki dna żołądka, gastropatia wrotna, żołądek arbuzowaty, marskość wątroby, stłuszczenie wątroby, Pierwotne Stwardniające Zapalenie Dróg Żółciowych (PSC), Pierwotna marskość żółciowa wątroby (obecnie nazywane Pierwotnym zapaleniem dróg żółciowych) (PBC). Nowotwory łagodne i złośliwe wątroby i dróg żółciowych.
Choroby trzustki: Ostre zapalenie trzustki; Przewlekłe zapalenie trzustki; Torbiele trzustki Nowotwory łagodne i złośliwe trzustki; Autoimmunologiczne zapalenie trzustki